专注高性能计算领域资讯
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做过药物设计分子动力学（MD）的科研人员都懂，GROMACS跑十亿步配体结合模拟最崩溃的不是结合能算不准，而是激酶靶点+共价配体+显式水溶剂化体系一上到百万原子，GPU显存直接撑爆，CPU内存和单核主频双双触顶。去年深秋，一个做靶点-配体结合自由能计算的团队找到我们，离IND申报只剩五天。他们的GROMACS模型（百万原子显式水体系，十亿步FEP平衡/生产）在标准工作站上每次运行到生产步就OOM或 […]
2025年12月，教育部正式批复设立哈尔滨工业大学与圣彼得堡国立大学的「圣大联合学院」。这不是简单的项目扩容，而是从中俄合作办学项目到独立学院的质变。首批四个本科专业中，化学赫然在列，与数学与应用数学、应用物理学、生物技术并列。而在2022年，这个化学合作项目刚刚获批时，每年只招50人，四年后，它已经成长为拥有完整本硕培养体系的联合学院。 圣彼得堡国立大学在化学计算领域的积累不容小觑。它的化学硕士 […]
做过酶催化反应机理研究的团队都懂，Amber跑QM/MM最崩溃的不是力场参数设错了，而是量子区DFT计算耗时导致MD步长被迫锁死在0.5 fs，100 ns模拟要跑200亿步，普通工作站算到项目结题都出不来数据。去年初夏，一个做脂肪酶手性选择性催化机理的团队找到我们，离论文投稿只剩六天。他们的体系（酶活性中心含锌离子，底物为手性酯，量子区42原子，DFT/B3LYP/6-31G(d)，MM区Amb […]
跟几个做航空材料仿真的朋友聊天，发现一个很有意思的现象：大家用的软件越来越高级（ABAQUS、COMSOL、Materials Studio），模型越建越精细，但一跑起来，工作站就卡得跟PPT似的。 有个朋友跟我吐槽，跑一个涡轮盘的蠕变-疲劳耦合，32核工作站愣是算了83个小时。中间还崩了两次，因为内存溢出。更夸张的是，有个做粉末高温合金的兄弟，他们组里配的是游戏显卡+普通SSD，跑分子动力学模拟 […]
开篇：结构生物学家的”动态焦虑” 如果你在国内顶尖高校生命科学学院做蛋白质研究，大概率经历过这样的场景： “AlphaFold预测的结构挺准的，但…它是个静态的’证件照’啊。蛋白质在细胞里明明是在动的！” 2024年诺贝尔化学奖把AI结构预测送上了神坛，但圈内人都清楚：AlphaFold给出的是蛋白质在晶体状态下的 […]
本文采用技术分析视角，以清华大学计算化学研究为参照系探讨行业趋势。文中提及的学术成果均来自公开文献，不代表任何官方立场。硬件配置建议仅供参考。 一、写在前面：溶剂效应——计算化学的永恒难题 2025年7月8日，清华大学朱永法教授和香港大学汤初阳教授团队（第一作者郭燕）在Nature Communications发表了一项引人注目的研究：通过设计电荷互补的π电子位点，他们开发的卟啉基光催化剂实现了1 […]
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