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DNA计算是图灵奖得主Adleman开辟的非传统计算路线，哈密顿路径（HPP）是它的开山问题，Matlab一个ode45就能跑通Adleman原始实验的玩具级反应网络demo。可真实课题一上手就卡——大规模反应网络的组合爆炸、浓度动力学刚性、批量图实例验证跑到第三天被OOM杀掉。更头疼的是，编码序列设计、反应网络拓扑、图实例数据全是课题组的核心资产，数据涉密不敢传云端API，Matlab的刚性求解 […]
做过天然药物分离模拟的都懂，Matlab跑多组分萃取色谱最崩溃的不是分配系数设错，而是ode15s一启动，100组分×1000塔板×稀疏质量平衡矩阵直接把内存吃光。去年深秋，一个做天然产物分离纯化的团队找到我们，离验收只剩五天。他们的模型（100种天然产物，液液萃取-柱色谱联用，分配系数优化）在标准工作站上每次运行到参数拟合第3轮就OOM；减少组分数后虽能跑，但关键活性成分丢失，分离度预测失真。我 […]
做过药物递送系统（DDS）仿真或制剂工艺优化的工程师都懂，COMSOL跑药物释放动力学最崩溃的不是释放曲线拟合不准，而是纳米载药体系多层结构一加密，扩散-反应-溶胀多物理场耦合，非线性求解器直接内存溢出，或时间步推进因系统换页导致发散。去年深秋，一个做长效缓释微球制剂优化的团队找到我们，离FDA申报资料提交只剩五天。他们的COMSOL模型（PLGA微球，药物扩散+聚合物溶蚀+溶胀力学，微米级多层网 […]
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