专注高性能计算领域资讯
专注高性能计算领域资讯
生命科学计算
DNA折纸是纳米制造的第一道闸：碱基配对差一个氢键，结构折叠就可能翻盘；构象松弛算错了，后面的功能化修饰和细胞递送全白做。oxDNA名声在外，可折纸规模一上、链数一多，布朗动力学跑到一半先卡给你看——显存爆红，几万条DNA链断在半截。更憋屈的是，DNA序列和靶点设计是实验室的核心资产，崩溃了你连把报错日志贴给云端AI问一句都不敢，只能一个人翻十年前的老帖。本文用一个6万碱基对DNA折纸矩形结构的真 […]
分子对接是新药筛选的第一道闸：结合能差1千卡，活性排序就可能翻盘；对接姿势错了，后面的动力学验证和湿实验全白做。AutoDock名声在外，可化合物库一大、口袋一复杂，批量跑到一半先崩给你看——内存爆红，几万条结果断在半截。更憋屈的是，化合物库和靶点结构是药企的核心资产，崩溃了你连把报错日志贴给云端AI问一句都不敢，只能一个人翻十年前的老帖。本文用一个激酶靶点3.2万化合物库的真实算例，拆解Auto […]
你在GROMACS里建了一套离子液体[EMIM][BF₄]的分子动力学模型，4000个离子对、48000个原子、NPT系综、十亿步长时间尺度，准备捕捉离子扩散系数、电导率弛豫和结构因子全过程。你调了PME长程静电（截断1.2nm，FFT网格512³）、V-rescale温控、Parrinello-Rahman压控、以及每步全轨迹输出，点击mdrun。第1.27亿步，离子对关联长度超过短程截断，长程 […]
你在antiSMASH里加载了一套深海放线菌群的天然产物挖掘管线，500条宏基因组组装、antiSMASH 7深度BGC预测、MIBiG已知基因簇比对、GNPS分子网络关联，准备捕捉基因组生物合成基因簇（BGC）预测、代谢组LC-MS/MS分子网络构建和基因组-代谢组跨组学关联全过程。你调了HMMER隐马尔可夫模型扫描、ClusterBlast已知BGC比对、Pfam结构域注释、以及BigScap […]
你在Matlab里建了一套中药复方网络药理学的系统分析模型，120个活性成分、4500个预测靶点、3200个疾病关联基因、500条KEGG通路，准备用成分-靶点-疾病-通路四重耦合网络捕捉复方作用机制、核心靶点筛选和关键通路富集全过程。你调了SwissTargetPrediction靶点预测、STRING PPI网络构建、Cytoscape拓扑分析、clusterProfiler富集分析、以及分子 […]
你在SPECT工作站里加载了一套心脏灌注显像的投影数据，128×128矩阵、120角度、双探头采集、衰减校正+散射补偿+分辨率恢复，准备用OS-EM迭代重建捕捉心肌血流灌注缺损、衰减伪影校正和散射噪声抑制全过程。你调了8个子集、16次迭代、Chang氏衰减图、双能窗散射校正、以及3D高斯后置滤波，点击Reconstruct。第7次迭代，左室下壁衰减伪影区与散射叠加使投影残差暴涨，系统矩阵条件数从1 […]
你在Dorado里加载了一套PromethION 48的纳米孔测序原始信号，200万条reads、平均读长50kbp、5kHz电流采样，准备用Transformer basecalling模型捕捉碱基序列解码、质量值校准和甲基化修饰识别全过程。你调了自注意力上下文窗口、动态batch、半精度推理、以及甲基化修饰检测头，点击Basecall。第127条read，第847个信号窗，长读长穿越高GC重复 […]
2024年10月，瑞典皇家科学院将诺贝尔化学奖授予Google DeepMind的Demis Hassabis、John Jumper以及华盛顿大学的David Baker，表彰他们在蛋白质结构预测与计算蛋白质设计领域的开创性贡献。这一决定标志着人工智能正式成为生命科学基础设施的核心组成部分——不是辅助工具，而是重新定义了问题本身的解题方式。 仅仅半年前，2024年5月，DeepMind与Isom […]
2025年底，中国科协生命科学学会联合体公布了年度”中国生命科学十大进展”。西北工业大学王堃教授团队联合完成的”解码深渊动物演化过程和适应的遗传机制”赫然在列。这项研究利用深渊海沟的珍稀样本与多组学数据，首次重构了脊椎动物多次独立进入深渊的演化路线图，并发现深海鱼类通过rtf1基因趋同突变应对极端高压环境。研究成果作为封面故事发表于《细胞》杂志，这也 […]
2026年3月底，英国曼彻斯特大学团队在《通信化学》发表了一项引发计算化学界广泛关注的研究：他们开发出一种基于高斯过程回归的机器学习势函数模型，能够在极端温度、剧烈结构扰动等苛刻条件下维持分子动力学模拟的长时间稳定运行。在总计50次、每次10纳秒的独立测试中，阿司匹林、丝氨酸和甘氨酸等柔性分子始终未出现模拟崩溃——这对于机器学习力场而言是一个重要里程碑。 几乎在同一时间线，国内也有课题组在朝类似的 […]
微生物药物发酵优化Matlab遗传算法卡顿：产量副产物CPU主频，性能方案解析 你在Matlab Global Optimization Toolbox里搭建了一套工业级抗生素发酵过程的多目标遗传优化模型，红霉素链霉菌深层发酵120m³罐体，80维决策变量覆盖分阶段温度、pH、溶氧、补料速率、搅拌转速时序控制，3目标函数（产量、副产物比、发酵周期）调用gamultiobj求解Pareto前沿。你设 […]
民族药配方优化Matlab Design-Expert崩溃：响应面多指标稀疏矩阵，硬件突围方案 你在Matlab里导入了20味藏药复方的混料设计候选集，Scheffé特殊三次模型1350个参数，50个配伍约束（毒性上限、功效下限、药对禁忌）筛选后仍有200万个候选配方点，追踪80个活性成分与药效指标（总黄酮、生物碱、多糖、抗炎、抗氧化），准备跑一轮D-optimal设计筛选加多指标desirabi […]
文章分类
新闻订阅
订阅新闻简报
掌握信息主动权
精选行业动态 + 全网热点，不遗漏关键信息